污泥的處理問題也是一個大問題，因為污泥中含有大量的有機物，如果沒有得到妥善處理，會對環境造成嚴重的影響。所以在這方面，企業要加強管理，避免出現污泥堆積的情況。另外，對于一些不合格的產品，也要及時進行銷毀，防止污染環境。

制藥污泥檢測污泥和土壤檢測項目：

營養成分:有機質、銨態氮、硝態氮、磷、鉀、鈣、鎂、硫、鐵、銅、錳、鋅、硼、酸堿度、交換性酸、鈣鎂比、鎂鉀比等

污泥檢測有機物檢測:總石油類烴、苯系物、揮發性有機物、半揮發性有機物、多環芳烴、多環芳烴(低濃度)、苯并(a)芘、鄰苯二甲酸酯、有機氯農藥、有機磷農藥、多氯聯苯、二噁英等

其他分析:氟化物、有機質、含水率、總堿度、酚、礦物油、pH值、水分、六六六、滴滴涕、揮發性有機化合物、揮發性有機化合物、多氯聯苯、半揮發性有機物、陽離子交換量等

污泥檢測項目：PH值，TS、VS，VFA、TCD、TP、TN、總鎘、總汞、總鉛、總鉻、總砷、總鎳、總鋅、總銅、礦物油、氨氮，速效磷、污泥含水率、PH、混合比例、糞大腸菌群菌值、蛔蟲卵死亡率等。